Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, từ lãnh đạo cho đến đăng kiểm viên, cán bộ các Phòng Kiểm định xe cơ giới (Phòng VAR) và Phòng Tàu Sông; lãnh đạo, đăng kiểm viên các Trung tâm đăng kiểm và các Chi cục Đăng kiểm tại TP HCM và cả nước đã lợi dụng chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao trong công tác quản lý nhà nước về lĩnh vực đăng kiểm để cố ý làm trái các quy định của pháp luật, buông lỏng quản lý, thiếu kiểm tra, giám sát, móc nối với các doanh nghiệp, chủ phương tiện, cá nhân thực hiện nhiều hành vi vi pháp luật hình sự.
Đặc biệt, trong thời gian giữ chức vụ Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam, các bị cáo Trần Kỳ Hình và Đặng Việt Hà là những người đứng đầu chịu trách nhiệm lãnh đạo, chỉ đạo toàn diện mọi hoạt động của Cục Đăng kiểm theo sự phân công của Bộ Giao thông vận tải; được giao nhiệm vụ quản lý Nhà nước về công tác đăng kiểm trên phạm vi cả nước. Bị cáo Nguyễn Vũ Hải là Phó Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam phụ trách hoạt động của Phòng tàu sông. Thế nhưng, Trần Kỳ Hình, Đặng Việt Hà, Nguyễn Vũ Hải đã không thực hiện đúng chức trách, nhiệm vụ được giao, đưa ra chủ trương làm trái quy định của pháp luật. Trong đó, Hình và Hà đã nhận hối lộ với số tiền đặc biệt lớn; để xảy ra sai phạm, tiêu cực có hệ thống, trong thời gian dài tại các phòng trực thuộc Cục đăng kiểm Việt Nam, các Trung tâm Đăng kiểm, Chi cục Đăng kiểm trên cả nước nên phải chịu trách nhiệm với vai trò là người đứng đầu.
Các bị cáo là lãnh đạo, đăng kiểm viên Phòng kiểm định xe cơ giới đã lợi dụng vị trí công tác, nhận tiền từ các chủ phương tiện cần thẩm định hồ sơ xe cải tạo, nhận tiền từ các Trung tâm đăng kiểm để không thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ của mình trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.
Qua điều tra và thẩm vấn trực tiếp tại phiên tòa, Viện Kiểm sát nhân dân TP HCM đã có đủ căn cứ xác định tội danh, trách nhiệm cụ thể, số tiền hưởng lợi của các bị cáo đúng như Cáo trạng mà Viện Kiểm sát đã truy tố.
Theo đó, bị cáo Trần Kỳ Hình, cựu Cục trưởng Cục đăng kiểm Việt Nam đã thừa nhận hành vi đúng như cáo trạng truy tố. Tuy nhiên, bị cáo khai số tiền hưởng lợi chỉ là hơn 2,8 tỷ đồng và 12.000 USD. Nhưng Viện Kiểm sát có căn cứ xác định Trần Kỳ Hình phải chịu trách nhiệm và đã nhận hối lộ, hưởng lợi số tiền là hơn 7,1 tỷ đồng; lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ để duyệt cấp Thông báo năng lực cho 63 hồ sơ cơ sở đóng tàu không đủ điều kiện theo quy định. Hiện bị cáo Hình đã nộp lại 2,85 tỷ và 12.000 USD để khắc phục hậu quả.
Bị cáo Đặng Việt Hà, cựu Cục trưởng Cục đăng kiểm Việt Nam, được bổ nhiệm sau khi Trần Kỳ Hình nghỉ hưu. Vì đảm bảo quyền lợi của Hà phải là cao nhất, nên lãnh đạo Phòng VAR và lãnh đạo các Trung tâm đăng kiểm phải nhận hối lộ và chia tiền cho Hà hàng tháng. Do đó, bị cáo phải chịu trách nhiệm hình sự về hành vi “Nhận hối lộ” với vai trò là người đứng đầu trong vụ án cùng tổng số tiền là hơn 40,2 tỷ đồng, hưởng lợi số tiền hơn 8,5 tỷ đồng. Bị cáo Hà đã nộp lại toàn bộ số tiền hưởng lợi để khắc phục hậu quả.
Bị cáo Nguyễn Vũ Hải, cựu Phó Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam phụ trách hoạt động của Phòng tàu sông bị Viện Kiểm sát luận tội phải chịu trách nhiệm hình sự về hành vi “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” trong việc cấp Thông báo năng lực cho 15 hồ sơ cơ sở đóng tàu không đủ điều kiện theo quy định.
Bị cáo Trần Anh Quân (cựu quyền Trưởng Phòng Kiểm định xe cơ giới, Cục Đăng kiểm Việt Nam) bị truy tố về tội “Nhận hối lộ” với tổng số tiền 60,5 tỷ đồng. Các bị cáo Đặng Trần Khanh (cựu Phó Trưởng Phòng Kiểm định xe cơ giới, Cục Đăng kiểm Việt Nam), Nguyễn Đức Toàn (cựu Phó Trưởng Phòng Kiểm định xe cơ giới, Cục Đăng kiểm Việt Nam); Phạm Đức Ngọc (chuyên viên Phòng Kiểm định xe cơ giới, Cục Đăng kiểm Việt Nam) cũng bị truy tố tội “Nhận hối lộ”.
Ở nhóm các Trung tâm đăng kiểm do Trần Lập Nghĩa làm chủ gồm Trung tâm Đăng kiểm 62-03D tại tỉnh Long An, 71-02D tại tỉnh Bến Tre, 83-02D tại tỉnh Sóc Trăng (ngoài ra còn Trung tâm 84-02D tại tỉnh Trà Vinh và 66-02D tại tỉnh Đồng Tháp), Viện Kiểm sát xác định Trần Lập Nghĩa là chủ đầu tư duy nhất, là người chỉ đạo, điều hành toàn bộ Ban Giám đốc, đăng kiểm viên và nhân viên tại các Trung tâm; người hưởng lợi toàn bộ lợi nhuận từ các Trung tâm và thụ hưởng toàn bộ số tiền do phạm tội mà có. Các bị cáo còn lại chỉ là người làm công ăn lương, thực hiện công việc theo chỉ đạo, không được hưởng lợi ích gì từ các hành vi phạm tội.
Qua kết quả điều tra, đặc biệt là thẩm vấn trực tiếp tại tòa, Viện Kiểm sát nhận thấy tất cả các bị cáo đều khai báo thành khẩn, thừa nhận toàn bộ diễn biến hành vi, số liệu mà cáo trạng đã truy tố nên Viện Kiểm sát đủ căn cứ xác định trách nhiệm cụ thể của các bị cáo. Trong đó, bị cáo Trần Lập Nghĩa phải chịu trách nhiệm hình sự về các hành vi “Nhận hối lộ” số tiền hơn 1,6 tỷ đồng cùng hành vi “Giả mạo trong công tác” đối với 975 chữ ký giả đăng kiểm viên và hành vi “Xâm nhập trái phép vào mạng máy tính, mạng viễn thông hoặc phương tiện điện tử của người khác” để điều chỉnh kết quả của 678 phương tiện đăng kiểm tại Trung tâm 71-02D. Tổng số tiền Trần Lập Nghĩa đã hưởng lợi từ các hành vi trái pháp luật tại các Trung tâm 62-03D, 71-02D và 83-02D là hơn 14,7 tỷ đồng.
Cũng trong phiên luận tội, Hiệp hội vận tải ô tô Việt Nam, Công đoàn giao thông vận tải Việt Nam và Đoàn thanh niên Cục Đăng kiểm Việt Nam đã có đơn kiến nghị gửi Tòa án nhân dân TP Hồ Chí Minh, Viện Kiểm sát nhân dân các cấp đề nghị xem xét giảm nhẹ hình phạt cho cựu lãnh đạo, cán bộ, đăng kiểm viên liên quan đến vụ án.
Theo đơn, các cơ quan, đơn vị trên trình bày, những đăng kiểm viên bị xét xử đều được đào tạo bài bản, có chuyên môn nghiệp vụ tốt, tâm huyết với nghề, có tinh thần cống hiến. Quá trình điều tra luôn tích cực hợp tác, cung cấp thông tin có giá trị nhằm giúp cơ quan điều tra nhanh chóng điều tra làm rõ nội dung vụ án, ngăn chặn hoặc giảm bớt hậu quả của các hành vi vi phạm pháp luật.
Vì vậy, các cơ quan, đơn vị trên đề nghị cơ quan tiến hành tố tụng xem xét hành vi vi phạm của các bị cáo nguyên lãnh đạo, cán bộ, nhân viên thuộc Cục Đăng kiểm Việt Nam, miễn giảm một phần trách nhiệm hình sự để vừa đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật nhưng cũng thể hiện chính sách nhân văn, khoan hồng của Đảng và Nhà nước; tạo điều kiện cho họ sửa chữa lỗi lầm, khắc phục hậu quả. Đồng thời các đơn vị đăng kiểm đủ điều kiện tiếp tục hoạt động, phục vụ nhu cầu chính đáng của người dân và doanh nghiệp.